Greg Voth, profesor del Departamento de Química de la Universidad de Chicago, presentó «Superando el desafío multiescala para los sistemas biomoleculares» sobre sus hallazgos en el modelado de proteínas durante la Conferencia Dotada Borden del Departamento de Química de la Universidad de Washington el 28 de febrero.
La Conferencia Dotada de Weston y Sheila Borden, que patrocina una presentación anual de investigadores en química teórica, es una de las cinco conferencias financiadas con fondos aprobados por el departamento.
Voth, cuyo trabajo se centra en simulaciones por computadora de biomoléculas, tiene una extensa trayectoria en aplicaciones biológicas de la computación.
«Comencé hace años, en la universidad y en las ciencias, y especialmente en las ciencias teóricas», dijo Voth. “En algún momento, mientras cursaba mis estudios de posgrado, las computadoras se volvieron más poderosas y accesibles. Y entonces se puede ver la combinación de conceptos científicos con cálculos… Encuentro estas preguntas biológicas realmente interesantes y muy desafiantes.
La conferencia de Voth se centró específicamente en la teoría multiescala: el desafío de modelar sistemas complejos de manera eficiente y precisa. Su laboratorio ha logrado esto mediante sistemas de modelado de grano ultragrueso (UCG) que pueden interpretar interacciones biomoleculares complejas manteniendo una baja resolución.
«Hago simulaciones por computadora y estamos muy interesados en tratar con sistemas muy complejos, generalmente aquellos que involucran biología», dijo Voth. “La dificultad de utilizar simulaciones directas por computadora para llegar a esto es que son muy grandes; Se necesita mucho tiempo para desarrollarse… estos sistemas de interés están formados por muchos átomos, por lo que tenemos que desarrollar métodos especiales. Y se llaman métodos multiescala: son formas de abordar esta complejidad.
Las innovaciones en el modelado de proteínas son particularmente importantes para comprender cómo funcionan las biomoléculas. Al modelar la cápside del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), Voth espera lograr avances en la comprensión del virus.
«En el caso específico del VIH, descubrimos cómo se ensambla una parte importante del virus», dijo Voth. «(Un virus) se replica y se replica en las células infectadas, y ataca a otra célula… (Si) entendemos sus aspectos clave, (nosotros) potencialmente podemos encontrar debilidades que serán los objetivos de la medicina para el tratamiento.
El modelado de UC también ha superado los límites de la tecnología computacional. Beth Fawcett, estudiante de maestría en química de la Universidad de Washington, comentó sobre la importancia del seminario.
«He trabajado en ciencia de datos durante cinco años, así que fue genial ver (esta conferencia)», dijo Fawcett. «Después de observar esto, parece que todavía habrá desafíos computacionales, a pesar de que ha habido muchos avances (en el modelado de proteínas). Hay un muro en la cantidad de cálculos que se pueden hacer con la computación tradicional. Así fue Es fantástico ver que pudieron utilizar lo que está actualmente disponible para obtener el modelo de la cápside del VIH.
Puede encontrar más información sobre la investigación de Voth Group aquí allí.
Comuníquese con la escritora colaboradora Amy McLean en news@daily.com. X: @amiyamclean
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